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lundi 17 novembre 2008

Résumé sujet de these

"Caractérisation du régulateur de réponse orphelin DegU de Listeria monocytogenes impliqué dans la virulence, la motilité et la formation de biofilms"

Les bactéries sont continuellement soumises à des variations importantes des conditions environnementales. La réponse à ces changements nécessite un traitement intracellulaire de l’information et sa transmission, ce processus est désigné « transmission du signal ». Parmi les systèmes de transmission des signaux, les plus répandus sont les systèmes à deux composants. Ces systèmes de régulation comprennent une histidine kinase qui détecte et transmet un signal par transfert d’un groupement phosphate à un régulateur de réponse. Ce dernier est alors activé et génère une réponse adéquate. Listeria monocytogens est un bacille à Gram-positif responsable de la listériose, une infection alimentaire caractérisée par des avortements, des infections périnatales et des méningites. Une analyse génomique fait apparaître des gènes codant pour 17 systèmes à deux composants chez L. monocytogenes. Parmi ces systèmes, le régulateur DegU, largement étudié chez B. subtilis où il est associé à la kinase DegS, est orphelin chez L. monocytogenes car le gène de la kinase DegS est absent du génome. Chez B. subtilis, le système DegS/ DegU joue un rôle central en contrôlant la régulation de l’expression des gènes de compétence, la production d’enzymes dégradatifs, la motilité et le chimiotactisme. La présence de DegU chez Listeria soulevait la question de sa fonction dans cette bactérie. Au cours de ce travail, nous avons montré que le gène degU, organisé en opéron avec yviA, est exprimé et que cette expression est régulée au cours du temps. Nous avons construit un mutant ∆degU et étudié l’expression de degU dans la souche sauvage et dans le mutant. À l’inverse de la situation chez B. subtilis, le régulateur DegU réprime sa propre synthèse. Nous avons également montré que ce régulateur est impliqué dans la motilité, le chimiotactisme et la formation de biofilms chez L. monocytogenes. De plus, nous avons constaté que la virulence du mutant ∆degU est significativement atténuée dans un modèle murin. Nos travaux ont montré que le régulateur DegU de L. monocytogenes peut être phosphorylé in vitro par la kinase DegS de B. subtilis. Le régulateur DegU chez B. subtilis possède deux conformations actives, phosphorylée et non-phosphorylée contrôlant chacune des fonctions distinctes. Afin de déterminer le rôle de la phosphorylation de DegU nous avons utilisé deux stratégies. Nous avons introduit le gène codant pour la kinase DegS de Bacillus subtilis chez Listeria. Par ailleurs, nous avons inactivé le site de phosphorylation putatif de DegU chez Listeria monocytogenes. Nos résultats suggèrent que la phosphorylation joue un rôle dans le contrôle de la motilité et le chimiotactisme mais que la forme non-phosphorylée de DegU est active. L’analyse du génome de L. monocytogenes EGDe indique l’absence de kinase orpheline qui pourrait être un partenaire pour DegU. Il est envisageable mais peu probable que DegU soit régulé par une kinase non-partenaire suite a des interactions croisées avec un autre système à deux composants. Cependant, il a été montré que des composés de faible poids moléculaire comme l’acétyle-phosphate peuvent phosphoryler des régulateurs de réponse chez plusieurs bactéries. De façon intéressante, nous avons pu montrer, par HPLC-MS, que l’acétyle-phosphate peut phosphoryler DegU in vitro. Dans le but de déterminer le rôle de l’acétyle-phosphate in vivo nous avons construit un mutant dans lequel la synthèse de ce métabolite est bloquée. Nos résultats indiquent que la phosphorylation par l’acétyle-phosphate pourrait jouer un rôle important dans le contrôle de l’activité du régulateur DegU in vivo en absence de la kinase. Nous avons proposé un modèle de régulation par DegU fonctionnant comme un « rhéostat » où le niveau du régulateur phosphorylé dans la cellule modifie son activité. Ce type de fonctionnement rappelle celui du couple DegS/DegU chez certaines souches « non –domestiquées » de B. subtilis.

CV Docteur en biologie : MICROBIOLOGISTE

Docteur en biologie : MICROBIOLOGISTE

Projet : Chercheur/ Ingénieur d’Etude, Chef de projet R&D, Responsable laboratoire, Responsable technique

EXPERIENCE SCIENTIFIQUE

•2008 Responsable du Pole d’identification bactérienne (PIB). Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU), Institut Pasteur, Paris, France. Diagnostic moléculaire des bactéries de toute origine. - Gestion d’un laboratoire sur un plan organisationnel et management d’une équipe. - Prestations de services pour des Hôpitaux et des industrielles (facturation, devis). - Validation des livrables envoyés aux clients. Confidentialité des informations. - Gestion de projets et collaboration avec divers organismes. - Participation à la rédaction des procédures qualité.

•2004 Chercheur en thèse, Unité de Biologie des Bactéries Pathogènes à Gram Positif. Institut Pasteur, Paris, France. Financement Communauté Européenne. « Étude d’un régulateur impliquée dans la virulence, la formation de biofilms et la motilité chez une bactérie pathogène de l’homme » dans le but de développer un antibiotique. - Gestion d’un projet scientifique, valorisation des données (Congrès, publications). - Développement de la capacité à travailler en équipe.

• 2001 Stage de Master, Unité de Mycoplasme. Institut Pasteur, Tunis, Tunisie. Recherche d’un vaccin contre les mycoplasmes aviaires pathogènes. - Diagnostic: recherche et développement d’une méthode de détection spécifique de mycoplasmes chez les aviaires (publication). - Approfondissement des connaissances en Microbiologie et développement des compétences techniques.

• 2000 Stage de Maîtrise, Laboratoire d’Immuno-oncologie. Faculté de Médecine Monastir, Tunisie. Recherche d’outils de diagnostics de la prédisposition génétique des femmes à un cancer de sein. -Appréhension des techniques de microbiologie et du fonctionnement d’un laboratoire.

• 1999 Stage contrôle qualité produits, Laboratoire pharmaceutique Industrie Pharmaceutique Biomaghreb Ariana, Tunisie. -Veille au respect de la réglementation et des Normes en vigueur. -Application des procédures adaptées et mises en place dans un laboratoire.

COMPETENCES

Compétences techniques

• Microbiologie : isolement et identification de bactéries • Biologie moléculaire: extraction ADN/ARN, PCR quantitative, AFLP, clonage, retard de migration sur gels (EMSA), empreintes a la DNaseI, extension d’amorces, mutagenèse, Puce ADN.. • Biochimie: western Blot, expression, purification et phosphorylation des protéines. • Immunologie: tests ELISA, expérimentation animale. • Notions en biologie cellulaire: cultures cellulaires, transfection, immunofluorescence, mesure de l’adhérence des bactéries aux cellules eucaryotes et de leur invasivité. • Manipulation des éléments radioactifs (P14, S35) et des bactéries pathogènes (Classe 2, 3).

Gestion et encadrement

• Gestion d’un laboratoire. Respect des Bonnes Pratique de Laboratoire. Travail conforme à des processus méthodologiques rigoureux. • Développement de qualités d’analyse, un sens de l’organisation, une aptitude à innover ainsi que des capacités relationnelles pour réaliser un travail en équipe. • Formation continue durant le parcours scientifique (Formations doctorales et professionnelles). • Communication des résultats dans des congrès internationaux, publications (3 articles) et collaborations avec des laboratoires externes. • Encadrement d’une étudiante pendant un stage de maîtrise.

Compétences informatiques

• Recherche dans les banques de données (EMBL, Genbank, Uniprot, MIST), alignement de séquences (BLAST, CLUSTAL W), Comparaison multiple de génomes (JCVI-CMR) et logiciel d’analyse phylogénique (DNASTAR). • Les logiciels Office (PowerPoint, Word, Excel), Adobe Photoshop, Endnote.

Langues

Arabe : langue maternelle; Anglais : scientifique (écrit, parlé, lu) ; Français : courant.

DIPLOMES

•2008 Doctorat de Microbiologie et Virologie, Université Paris7 Denis Diderot, Paris, France.

•2004 Diplôme Cours de Microbiologie générale, Institut Pasteur, Paris, France.

•2003 Diplôme d'Etudes Approfondies de Microbiologie, Faculté des Sciences Tunis, Tunisie.

PUBLICATIONS

• Mardassi, Boutheina, Radhia ben Mohamed, Ibtissem Gueriri, Boughattas Sonia, and Behija Mlik. 2005. " Duplex PCR to differentiate between Mycoplasma synoviae and Mycoplasma gallisepticum on the basis of conserved species-specific sequences of their hemagglutinin genes ". J. Clin Microbiol. 43: 948-58.

• Gueriri, Ibtissem, Camille Cyncynatus, Sarah Dubrac, and Tarek Msadek. 2008." The DegU orphan response regulator of Listeria monocytogenes autorepresses its own synthesis and is required for biofilm formation, bacterial motility and virulence". Microbiol. 154: 2251-64.

• Gueriri, Ibtissem, Sylvie Bay, Sarah Dubrac, Camille Cyncynatus and Tarek Msadek. 2008. "Acetyl phosphate levels and the phosphorylation state of the DegU orphan response regulator both play a role in controlling L. monocytogenes motility and chemotaxis ". Mol. Microbiol. Accepté.

CENTRE D’INTERETS

Pratique de sports de loisir (équitation, tennis..), en compétition (karaté et natation). Création de bijoux. Organisation des voyages (Italie, Espagne, Algérie, Tunisie, Belgique, les Etats-Unis..).

PERSONNES A CONTACTER

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